Astma geneetikateadlaste uus riiklik koostöö on uue teadusliku aruande kohaselt paljastanud uudse geeni, mis on seotud haigusega afroameeriklastel.
Üheksa astmaga seotud geene otsivate sõltumatute uurimisrühmade andmeid koondades tuvastas vastloodud EVE konsortsium uudse geeniühenduse, mis on spetsiifiline Aafrika päritolu populatsioonidele. Lisaks kinnitas uus uuring nelja geeniühenduse olulisust, millest hiljuti teatati Euroopa astmageneetika uuringus.
Ajakirjas Nature Genetics avaldatud leiud on paljutõotav esimene samm uue riikliku teadusliku jõupingutuse jaoks astma geneetiliste juurte otsimiseks.
"Meil on nüüd tõesti hea käsitlus vähem alt viie geeniga, mille kohta igaüks võib vab alt öelda, et need on astmariski lookused," ütles Carole Ober, PhD, EVE konsortsiumi kaasesimees, uuringu vanemautor. ja Blum-Riese inimese geneetika ja sünnitusabi/günekoloogia professor Chicago ülikoolis. "Ma arvan, et astmageneetikas on praegu põnev aeg."
"Astma esinemissagedus on viimastel aastatel tõusnud, kõige rohkem on tõusnud afroameeriklased," ütles Susan B. Shurin, M. D., riikliku südame-, kopsu- ja vereinstituudi (NHLBI) direktori kohusetäitja. uuringut kaasrahastanud riiklikud terviseinstituudid. "Nende geneetiliste seoste mõistmine on oluline esimene samm meie eesmärgi poole, et leevendada astma suurenenud koormust selles populatsioonis."
Genoomiülesed assotsiatsiooniuuringud ehk GWAS on populaarne meetod, mida geneetikud kasutavad konkreetse haiguse kõrgendatud riskiga seotud geneetiliste variantide leidmiseks. Sihthaigusega patsientide rühma geneetilisi andmeid võrreldakse haiguseta kontrollrühma andmetega ja teadlased otsivad variante, mis esinevad haiguse rühmas oluliselt sagedamini.
Kuid GWAS-i võime või võimsus haigusega seotud variantide leidmisel sõltub uuringusse kaasatud osalejate arvust. Keeruliste haigustega seotud variantide leidmiseks võib vaja minna tuhandeid osalejaid – logistiline ja rahaline nõudlus ületab sageli üksiku uurimisrühma suutlikkust.
"Peaaegu kõiki levinumaid haigusi uurivatele geneetikutele on saanud selgeks, et GWAS-i võimsus on sageli ebapiisav, ja kui te ei tõmba kokku palju sama asjaga tegelevaid teadlasi, pole teil lihts alt jõudu geene leida, "ütles Dan Nicolae, PhD, Chicago ülikooli meditsiini, statistika ja inimgeneetika dotsent, konsortsiumi kaasesimees ja teine uuringu vanemautor."See oli motivatsioon üheksale uurijate rühmale, kes tulid kokku, et moodustada EVE."
NHLBI ja riiklike tervishoiuinstituutide toetusel arutasid üheksa asutuse uurimisrühmad oma GWAS-i andmete ühendamist suurema jagatud andmekogumi loomiseks. Kuid alles siis, kui nad said 2009. aasta Ameerika taastamise ja taasinvesteeringute seaduse alusel 5,6 miljoni dollari suuruse toetuse, sai EVE konsortsium ametlikult moodustada ja palgata koostöö elluviimiseks vajalikud töötajad.
"See poleks kunagi olnud võimalik ilma toetuseta, see oli tohutu töömaht," ütles Nicolae. "Võti oli ARRA rahastamine, mis võimaldas meil seda kiiremini liigutada."
Lisaks suuremale võimele leida astma riskiga seotud variante, hõlmas EVE andmekogum etniliselt mitmekesisemat elanikkonda kui teistes riikides tehtud sarnased jõupingutused, hõlmates Euroopa ameeriklasi, afroameeriklasi/Aafrika kariibi elanikke ja latiinod.
"Usume, et see heterogeensus on oluline," ütles Ober. "Nendes kolmes rühmas on astma levimus erinev, mistõttu on oluline mõista, kas need on põhjustatud keskkonnamõjudest või erinevustest geneetilistes riskitegurites."
Mitmekesine proov võimaldas teadlastel avastada uudse geneetilise seose astmaga, mida täheldati eranditult Aafrika-ameeriklastel ja Aafrika-Kariibi mere saartel. Polümorfismi, mis paikneb geenis nimega PYHIN1, euroopa-ameeriklastel ei esinenud ja see võib olla esimene astmale vastuvõtlikkuse geenivariant, mis on spetsiifiline Aafrika päritolu populatsioonidele.
Metaanalüüsi käigus leiti, et astmariski seisukoh alt on olulised veel neli geenivarianti: 17q21 lookus ning geenid IL1RL1, TSLP ja IL33. Kõik need neli kohta tuvastati samaaegselt eraldi andmekogumis GABRIELi uuringus, mis hõlmas enam kui 40 000 Euroopa astmajuhtumit, mis avaldati eelmisel aastal ajakirjas New England Journal of Medicine. Nende seoste kinnitamine mitmekesisemas EVE populatsioonis annab täiendavaid tõendeid selle kohta, et geenivariandid on olulised erinevates rahvustes, teatasid teadlased.
"Me suutsime näidata, et peaaegu kõik muud geenid peale PYHIN1 on transetnilised ja kõigis rühmades olulised," ütles Ober.
Nature Genetics uuring on alles esimene vili EVE konsortsiumi missioonist, mille eesmärk on mõista astma geneetikat. Praegu on käimas sügavam metaanalüüs, mis käsitleb pikemat geenivariantide loendit ja konsortsiumi üksikud rühmad kasutavad lisaküsimustele vastamiseks koondatud andmekogumit. Huvipakkuvad teemad hõlmavad geenide ja keskkonna koostoimeid, geneetilisi seoseid astmaga seotud fenotüüpidega, nagu allergiad ja kopsufunktsioon, ning koespetsiifilise geeniekspressiooni rolli.
"See, mida siin selles artiklis näete, on alles algus," ütles Nicolae. "Sihtasutus oli panna inimesed koostööd tegema, andmeid jagama ja uurimisideid jagama ning see toob kaasa palju uuringuid."
